Este se presenta entre un organismo heterocigótico y un homocigótico recesivo. Esto se debe a que dado un genotipo homocigoto dominante tiene el mismo fenotipo que un genotipo heterocigótico, se requiere de un cruce de prueba para distinguirlos genotípicamente y saber qué características particulares presentan. El progenitor en el cruce de prueba siempre debe ser homocigoto recesivo para todos los genes bajo consideración. El propósito de realizar un cruce de prueba es el de poder determinar cuántos tipos de gametos diferentes son producidos por un individuo cuyo genotipo se desconoce. Un individuo homocigoto dominante (para una característica) producirá un solo tipo de gametos; un individuo heterocigoto (para una característica), producirá dos tipos de gametos con igual frecuencia. (Cancino et al, 2005) Por ejemplo, si una mosca con ojos rojos de genotipo WW se cruza con una mosca con ojos blancos, que tiene por genotipo ww, todos los descendientes serán fenotípicamente con ojos rojos, y genotípicamente Ww (Imagen 9).